基因组光学图谱工作站 Argus

参考信息

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Argus基因组光学图谱工作站是一个全新的卡盘式自动化工作平台，其依靠OpGen公司独有的基因组光学图谱技术利用单个DNA分子绘制出高分辨率、有序的全基因组限制性内切酶酶切位点图谱。研究人员可在一个工作日内获得初步的基因组光学图谱，对生物的基因组结构、功能、多样性和遗传学进行研究。在强大的MapSolver光学图谱分析软件的辅助下，研究人员可以直观的分析基因组光学图谱，快速地揭示基因组间的相似性和差异性、了解基因组结构和生物间的亲缘关系。如果有测序的数据，研究人员可以将重叠群数据转换成光学图谱数据，以基因组光学图谱为参照快速对重叠群进行排序和缺口定位。它能帮助研究人员完成高分辨率的比较基因组学、全基因组序列的拼接和菌株鉴定等研究工作。Argus基因组光学图谱工作站将在流行病学、食品安全、菌种质量监控、食品微生物学、基因组序列拼接、制药和生物技术等研究应用领域得到广泛应用。

 

光学图谱系统（Cat No: 11000-100）包含：

Argus

光学扫描系统 油喷头 图谱数据处理工作站 MapCard加工工作站 设备的一年保修、安装和培训 MapSolver软件

为达到*大的灵活应用，可将多个MapCard加工工作站（Cat No: 11100-001）通过网络连到Argus基因组光学扫描系统和数据处理工作站。

系统功能

整合的工作站

可进行实验室内外的通讯交流

基于卡片形式的分析

样品的处理和加工在同一个MapCard上进行

试剂盒形式的耗材

质量优化的试剂盒让光学图谱制作更简便

DNA质量检测

大分子量的DNA利用QCard进行质量检测

样品类型的多样性

多种类型的微生物和微生物混合物都可进行分析

简化的工作流程

自动的MapCard加工、图像获取和基因组光学图谱的拼接组装

客户数据库

客户可以为自己的研究课题建立数据库

文件的输入和转换

公共或私人的数据库序列信息可转换成计算机模拟的基因组光学图谱进行分析

分析软件

MapSolver软件

基因组光学图谱可直观的显示、比对和进行亲缘关系分析

显示微生物全基因组特点

显示有序、高密度信息数据：发现插入、缺失、重复和反转

可对序列重叠群进行排序和比对

 

可对序列拼接的准确性进行验证

数据分析

优化的生物信息学工具——无需专业知识

文件格式

兼容.xml和.fasta文件,

图像和数据可以输出至剪贴板或者存储成csv形式的文件用于将来的分析

多种应用

比较基因组学、全基因组序列拼接、菌株分型、亲缘关系分析等

获得光学图谱所需时间

初步的基因组光学图谱可在一个工作日内获得

系统工作流程（单个样品）

样品制备

1，从微生物细胞中抽提大分子量的DNA

2，利用QCard对得到的DNA进行分子大小和质量检测

程序设定

1，在Argus系统管理软件中设定实验名称和参数 

2，选择*适合于实验的限制性内切酶

MapCard样品准备和加工

1，准备MapCard，加入DNA样品

2，将MapCard放入MapCard加工仪中并加入酶切染色溶液

                         3，反应结束后取出MapCard

数据和图像的获取

1，将MapCard放入Argus光学扫描系统中

2，设置成像通道,进行图像获取

3，每个MapCard可以获得多个DNA分子光学图谱图像

基因组光学图谱的拼接

1，制作有序的单个DNA分子限制性内切酶酶切位点图谱

2，构建全基因组光学图谱和输出实验结果数据

MapSolver数据分析

1，显示有序的全基因组光学图谱

2，鉴别基因组功能元件，注释基因组结构特点，

3，显示计算机模拟光学图谱的序列信息

4，基因组光学图谱间的比对以及基因组光学图谱和计算机模拟的基因组光学图谱的比对

5，辅助序列重叠群的拼接和比对

6，在计算机上保存实验数据或输出数据用于将来的进一步分析

基因组光学图谱的应用

比较基因组学

显示和比对基因组光学图谱，找出基因组间的相似、差异、插入、缺失、重复、反转、噬菌体插入元件和其他发现。

 

 

基因组测序结果的拼接

利用基因组光学图谱对基因组测序的重叠群进行快速排序

多颜色区域（重叠群16）显示4个重叠群的错误拼接

 

 

菌株分型

进化树分析区分亲缘关系相近的株系

 

耗材

Argus? MapCard  Cat No: 12000-009

可组装9张 MapCards检测9个样品

 

Argus?基因组DNA质量检测卡 Cat No: 13000-006

可组装6张QCards检测18个次样品

 

Argus? 基因组DNA制备试剂盒 Cat No: 14300-010

可加工10微生物样品

注: 要与 Agencourt? Genfind? v2 DNA抽提试剂盒Agencourt?A41499联用

 

 

Argus? 染色试剂盒 Cat No: 14400-001

可进行9 张MapCard和6张QCard的染色

Argus? 酶切试剂盒

可进行10张MapCard的酶切加工

Argus? Enzyme Kit-AflII Cat No: 14216-010

Argus? Enzyme Kit-BamHI Cat No: 14212-010

Argus? Enzyme Kit-NcoI Cat No: 14213-010

Argus? Enzyme Kit-NheI Cat No: 14215-010

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