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亲和层析根据蛋白(或蛋白的基团)和层析填料上特异配基的可逆相互作用分离蛋白。只要有合格的配基,即可采用亲和层析。目标蛋白特异地、可逆地与互补组分(配基)结合。在有利于特异性结合的条件进行上样,未结合的物质先被洗下来,改变为适合解离的条件,回收结合的目标蛋白。用竞争性配基特异性解离或非特异性地改变pH、离子强度或极性进行解离。蛋白在结合时被浓缩,收集到纯化的、浓缩的组分里。